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Pull request 與其自爽不如貢獻開源

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前言

只要是軟體工程師這個領域內的職業都一定需要經營自己的side project
side project等於自己的職涯作品集，應徵時絕對會需要拿出來展示的項目
以前寫過一篇關於生物資訊工程師要經營side project可以往哪些方向
其中一個方向就是Pull request

NT FASTA近億等級數量索引

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情境說明，自己玩的專案中需要建立NT資料庫
並且需要經過資料清洗，像是將資料庫分成human和non human的fasta 並將無taxon分類的sequences排除
可怕的是目前的NT的序列數已達到9400萬條

策略是先遊歷一遍整個檔案 並記錄每個sequence的taxid及file offset (f.tell())儲存到dictionary

透過記錄的offset，使用f.seek()快速到達指定的sequence位置，並依據taxid判斷是屬於human或non human的sequence分別寫入到兩個fasta

因此本篇測試有哪些key-value類型的資料結構可以快速索引fasta中seqid於檔案中位置
且符合時間成本、硬體資源等效益

記憶體插滿4條無法開機

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這篇是成功案例，但每次更換電子零件都是場賭注
如果更換完按下開機鍵有不如預期的狀況真的很想死

先講結論，調整記憶體電壓就成功了，但要發現是電壓問題…

台灣文蛤是新種?怎樣算新種?

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前言

最近的一個新聞報導臺灣人常吃的蛤蜊原來是全新的物種
以前都一直以爲是1920年代引進到台灣的麗文蛤，經過水試所研究人員研究發現是不同於該物種的全新種

Makura v1.2.0 更新說明

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Makura的功能介紹可以看上一篇

{% post_link ‘2022/Makura安裝與使用 - 批量下載NCBI genomes’ %}

pip install makura==1.2.0

這篇介紹1.0.0到1.2.0之間增加的功能和修復的bug

2023更新至docker 23.0.1的問題

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更新docker之後容器都暫停並出現以下錯誤

docker-compose up -d

Starting hexo-app ... error

ERROR: for hexo-app  Cannot start service app: failed to create shim task: OCI runtime create failed: runc create failed: unable to start container process: error during container init: unable to apply apparmor profile: apparmor failed to apply profile: write /proc/self/attr/apparmor/exec: no such file or directory: unknown

ERROR: for app  Cannot start service app: failed to create shim task: OCI runtime create failed: runc create failed: unable to start container process: error during container init: unable to apply apparmor profile: apparmor failed to apply profile: write /proc/self/attr/apparmor/exec: no such file or directory: unknown
ERROR: Encountered errors while bringing up the project.

問題在於Docker version 23.0.1, build a5ee5b1 需要apparmor 所以只要作業系統沒有安裝就會報錯