Bioinformatics

前言

這篇文章是爲了自己要學習幾個Nextflow的重要功能而寫的
並寫一個程式實踐這些功能

Nextflow的基本概念會跳過不講
可以參考我之前寫的文章快速了解或是看官方文件

Nextflow教學 - 以最小可行專案為例

看這篇你能夠瞭解到以下的功能

1. 平行與合併處理檔案
2. 運算資源分配
3. 輸出結果至指定目錄

如果要做對應徵生物資訊職缺有幫助的 side project
我認為有幾個方向可以考慮

台灣目前(2022)最多的工作機會是基因體定序與分析，在 104 上隨時都可以看到，
應用領域其實就是精準醫療跟微生物研究。

至於商業市場沒這麼大的醫療影像、生物統計、質譜分析、抗體設計等工作機會就是可遇不可求了

依賴套件管理

專案中的python package我是用poetry管理
好處是可以分開開發時才使用的套件跟程式執行時依賴的套件
移除不用的套件時還可以確認依賴套件的依賴套件也全部被移除了
這點是pip做不到的，他只會移除你指定的套件

這文章寫的很詳細如何使用poetry

再見了 pip！最佳 Python 套件管理器——Poetry 完全入門指南

雖然其他如virtualenv和pyvenv也可以建立python虛擬環境
但也是無法完全地管理依賴套件版本

專案結構

以我這次寫的專案Juno為例，這個專案目錄下的結構如下

.
├── Dockerfile
├── juno
│   ├── cli.py
│   ├── config.py
│   ├── data
│   ├── data.py
│   ├── __init__.py
│   ├── simulator.py
│   ├── tools
│   └── web.py
├── LICENSE
├── pyproject.toml
├── README.md
└── setup.py

農學院或生科相關應該都能參考這篇文章啦，畢竟都是生科領域
工作一年多後對於台灣的生物資訊職涯分享

目前的工作

公司資訊

• 名稱: 益農有限公司
• 簡介: 運用遺傳基因體資料分析、生物統計、生物大數據、深度學習等技術，致力為全球的農漁畜，食品與環工業者提供專案顧問服務，以改善糧食生產與環境汙染問題，並協助產業達到永續發展之目標。

起源

前幾天聚會的時候聊到各自的工作內容時
居然大家都不太理解我在做什麼
讓我感到很難過
明明生物資訊就已經算是顯學了
但有一點可能是我介紹的太艱深了
或許就說的簡單一點就好

畢業前就有看到這篇文章現在才來玩，原本PEAKS只能安裝在Windows系統，由於他是java寫出的程式，所以可以在windows安裝後，複製程式資料夾到別的作業系統在用java執行

在Windows環境下下載檔案並安裝

Complete, closed bacterial genomes from microbiomes using nanopore sequencing

Abstract

Microbial genomes can be assembled from short-read sequencing data, but the assembly contiguity of these metagenome-assembled genomes is constrained by repeat elements. Correct assignment of genomic positions of repeats is crucial for understanding the effect of genome structure on genome function.

畢業後有位學弟傳了mail詢問一些生資的規劃，之後應該會愈來愈多人投入生資，所以就把他的問題跟我的經驗分享出來ㄅ

這是我在應徵生物資訊相關工作的記錄，所以寫得很隨興，想到甚麼就寫進去，分享給大家看看而已。