No space left on device - Too many files in a single directory


最近從NCBI下載大量的genome fasta到硬碟的單一目錄下
到16000左右的時候就跳出類似下方的錯誤訊息

mv: cannot move ‘/soure/genome.fna.gz’ to ‘/dist/genome.fna.gz’: No space left on device

原因在於之前把行動硬碟的filesystem格式化的爲fat32
而單一目錄內可以放的檔案數量是有限制的
至於上限多少看起來網路世界中各有說法
有說1000也有65534,但實際上我則是介於這之間…

Max files per directory on NTFS vol vs FAT32
一個資料夾內能放多少檔案? - iT 邦幫忙

總之重新格式化成NTFS之後問題就解決了,雖然NTFS也有理論上的限制
但實際上應該很難超過,我要下載的genomes總共也才約28萬
相對理論上的幾千萬還差很遠

NTFS vs FAT vs exFAT
超過一百萬個檔案的 NTFS 資料夾… | 黑暗執行緒

喔對了,通常看到這種訊息都會有兩種指令可以快速察看
磁碟剩餘空間

df -h .

該目錄下佔用空間,如果目錄內佔用的空間很大計算時間就會越久

du -sh .

會發現不是空間不足的問題也是因爲無法製造一個空檔案到目錄內

cd /dist/dir
touch test.txt

Author: Hung-Lin, Chen
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